㈠ KEGG資料庫最全介紹,一起來看看吧
一、KEGG資料庫簡介
KEGG,即京都大學生物信息學中心Kanehisa實驗室於1995年創建的生物信息資料庫。它集基因組、化學和系統功能於一體,揭示了生命現象背後的復雜遺傳與化學聯系。KEGG以其「生物系統高級功能和實用程序資源庫」的稱號在國際上被廣泛使用。
二、KEGG的核心內容
KEGG的核心是連接分子間的互動網路,包括代謝途徑、復合物和生化反應。它包含多個領域,如代謝通路(如ko04010)、人類疾病、葯物開發等。通過Pathway顯著性富集分析,有助於揭示差異基因/蛋白與關鍵生化和信號轉導途徑的關系。
三、KEGG資料庫的分類與訪問
KEGG的網址為kegg.jp/,它分為系統信息、基因組信息、化學信息和健康信息四個部分。如ko04010是KEGG分類體系的一部分,藍色背景的基因產物屬於KEGG Orthologs (KOs),代表序列相似且功能相關的蛋白質。
四、KEGG的查詢功能
用戶可以通過KEGG資料庫查詢蛋白質分類、酶促反應的具體信息。例如,通過K10258或R00259,你可以獲得相關數據。此外,KEGG還提供在線注釋工具KAAS,對新物種基因進行功能預測。用戶提交序列後,注釋結果將以郵件形式發送。