1. 質譜數據分析
這里，基於美國國家標准技術研究院(NIST)開發的一套軟體AMDIS(Automated Mass Spectral Deconvolution & Identification System)，對質譜數據的處理分為三個部分：
1、 雜訊分析（Noise Analysis）：對數據文件的雜訊進行分析，從中提取意義的特徵離子，從而排除噪音對後續工作的干擾。即從數據文件中提取信號特徵，供隨後的雜訊處理及閾值設定之用。
2、 化學成分掃描（Component Perception）：對整個數據文件進行分析，掃描每個化合物色譜峰以檢測其模型離子（Model Peak）及其峰形。
3、 譜圖退卷積（Spectrum Deconvolution）：模型離子確立後，將其峰形與其它離子進行比較，將在此時間范圍內與模型離子（Model Peak）峰型相近的離子提取出來，建立一張新的「純」的質譜圖。