『壹』 R统计绘图 | 物种组成冲积图(绝对/相对丰度,ggalluvial)
一、数据准备
所使用的数据为处理土壤样品的微生物组成数据,包括物种丰度、分类单元和样本分组数据。请注意,此数据为虚构,仅用于练习,请勿用于其他用途。
二、物种组成冲积图
通过ggalluvial包,在门水平上绘制物种组成冲积图,支持绝对丰度和相对丰度两种方式的绘图。
2.1 绝对丰度物种组成冲积图
2.2 相对丰度物种组成冲积图
原始数据和代码可通过EcoEvoPhylo公众号后台发送“alluvial_map”获取。
原文链接:R统计绘图 | 物种组成冲积图(绝对/相对丰度,ggalluvial) (qq.com)
推荐阅读
R绘图-物种、环境因子相关性网络图(简单图、提取子图、修改图布局参数、物种-环境因子分别成环径向网络图)
R统计绘图-分子生态相关性网络分析(拓扑属性计算,ggraph绘图)
R统计绘图-变量分组相关性网络图(igraph)
机器学习-分类随机森林分析(randomForest模型构建、参数调优、特征变量筛选、模型评估和基础理论等)
R统计绘图-随机森林分类分析及物种丰度差异检验组合图
机器学习-多元分类/回归决策树模型(tree包)
R统计绘图-环境因子相关性+mantel检验组合图(linkET包介绍1)
R统计绘图-NMDS、环境因子拟合(线性和非线性)、多元统计(adonis2和ANOSIM)及绘图(双因素自定义图例)
R统计绘图-RDA分析、Mantel检验及绘图
R绘图-RDA排序分析
R统计绘图-VPA(方差分解分析)
R统计绘图-PCA详解1(princomp/principal/rcomp/rda等)
R统计-PCA/PCoA/db-RDA/NMDS/CA/CCA/DCA等排序分析教程
R统计绘图-PCA分析绘图及结果解读(误差线,多边形,双Y轴图、球形检验、KMO和变量筛选等)
R统计-微生物群落结构差异分析及结果解读
R统计绘图-PCA分析及绘制双坐标轴双序图
R中进行单因素方差分析并绘图
R统计-多变量单因素参数、非参数检验及多重比较
R绘图-相关性分析及绘图
R绘图-相关性系数图
R统计绘图-环境因子相关性热图
R统计绘图-corrplot绘制热图及颜色、字体等细节修改
R统计绘图-corrplot热图绘制细节调整2(更改变量可视化顺序、非相关性热图绘制、添加矩形框等)
R数据可视化之美-节点链接图
R统计绘图-rgbif包下载GBIF数据及绘制分布图
R统计绘图 | 物种组成堆叠柱形图(绝对/相对丰度)
R统计-单因素ANOVA/Kruskal-Wallis置换检验
R统计-正态性分布检验[Translation]
R统计-数据正态分布转换[Translation]
R统计-方差齐性检验[Translation]
R统计-Mauchly球形检验[Translation]
R统计绘图-单、双、三因素重复测量方差分析[Translation]
R统计绘图-混合方差分析[Translation]
R统计绘图-协方差分析[Translation]
R统计绘图-One-Way MANOVA