㈠ KEGG数据库最全介绍,一起来看看吧
一、KEGG数据库简介
KEGG,即京都大学生物信息学中心Kanehisa实验室于1995年创建的生物信息数据库。它集基因组、化学和系统功能于一体,揭示了生命现象背后的复杂遗传与化学联系。KEGG以其“生物系统高级功能和实用程序资源库”的称号在国际上被广泛使用。
二、KEGG的核心内容
KEGG的核心是连接分子间的互动网络,包括代谢途径、复合物和生化反应。它包含多个领域,如代谢通路(如ko04010)、人类疾病、药物开发等。通过Pathway显著性富集分析,有助于揭示差异基因/蛋白与关键生化和信号转导途径的关系。
三、KEGG数据库的分类与访问
KEGG的网址为kegg.jp/,它分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四个部分。如ko04010是KEGG分类体系的一部分,蓝色背景的基因产物属于KEGG Orthologs (KOs),代表序列相似且功能相关的蛋白质。
四、KEGG的查询功能
用户可以通过KEGG数据库查询蛋白质分类、酶促反应的具体信息。例如,通过K10258或R00259,你可以获得相关数据。此外,KEGG还提供在线注释工具KAAS,对新物种基因进行功能预测。用户提交序列后,注释结果将以邮件形式发送。