1. 质谱数据分析
这里，基于美国国家标准技术研究院(NIST)开发的一套软件AMDIS(Automated Mass Spectral Deconvolution & Identification System)，对质谱数据的处理分为三个部分：
1、 噪声分析（Noise Analysis）：对数据文件的噪声进行分析，从中提取意义的特征离子，从而排除噪音对后续工作的干扰。即从数据文件中提取信号特征，供随后的噪声处理及阈值设定之用。
2、 化学成分扫描（Component Perception）：对整个数据文件进行分析，扫描每个化合物色谱峰以检测其模型离子（Model Peak）及其峰形。
3、 谱图退卷积（Spectrum Deconvolution）：模型离子确立后，将其峰形与其它离子进行比较，将在此时间范围内与模型离子（Model Peak）峰型相近的离子提取出来，建立一张新的“纯”的质谱图。