『壹』 GROMACS各種文件格式介紹
GROMACS提供了多種文件格式，以滿足不同模擬階段和分析需求。以下是文件的主要用途概述：
- CPT文件 (.cpt)：作為模擬斷點文件，記錄模擬過程中的關鍵信息，用於恢復中斷的模擬或延長計算。
- EDR文件 (.edr)：記錄系統能量數據，包括各能量組的相互作用能量等。
- EPS文件 (.eps)：非GROMACS標准，常作為圖片文件，不同系統可能需要特定軟體打開。
- G87/G96文件 (.g87/.g96)：分子坐標文件，分別記錄原子坐標和速度，G96精度更高但文件較大。
- GRO文件 (.gro)：GROMACS的核心坐標文件，包含固定格式的原子坐標、速度等信息。
- ITP文件 (.itp)：分子拓撲文件，細化描述特定分子的類型，不包含系統全局信息。
- M2P文件：配置文件，用於定義EPS文件的輸出格式。
- MDP文件 (.mdp)：模擬配置文件，包含大量控制參數，查閱手冊了解詳細含義。
- N2T文件 (.n2t)：原子名稱與類型對照，用於x2top獲取原子參數。
- NDX文件 (.ndx)：原子索引文件，定義原子組和它們的順序。
- PDB文件 (.pdb)：分子坐標文件，常見於外部結構導入。
- RTP文件 (.rtp)：殘基力場參數文件，對應PDB結構中的殘基信息。
- TOP文件 (.top)：系統拓撲文件，包含全局信息和引用的力場。
- TPR文件 (.tpr)：模擬打包文件，整合了模擬系統和控制參數。
- TRJ文件 (.trj)：全精度軌跡文件，詳細記錄原子運動數據，文件較大。
- XTC文件 (.xtc)：單精度軌跡文件，更小但常用分析。
- XPM文件 (.xpm)：二維數據矩陣文件，可轉換為圖片。
- XVG文件 (.xvg)：xmgrace的圖標文件，便於數據可視化。
其他如aminoacids.dat、FF.dat、specbond.dat和vdwradii.dat文件分別用於蛋白質和核算殘基信息、默認力場列表、特殊化學鍵設置以及原子范德華半徑數據。
『貳』 PSF、RTF、PRM文件是什麼
PSF、RTF、PRM文件分別是：
PSF文件：
- 是分子的拓撲結構文件，主要用於CHARMM程序中。
- 包含體系所有分子的鍵、角、二面角、非正常二面角等拓撲信息。
- 還包含MASS、charge等信息，用於描述分子的詳細組成和連接性。
RTF文件：
- 是殘基拓撲文件，包含用於構建大分子的分子構建塊的定義。
- 例如氨基酸和DNA鹼基的定義，包括每個原子類型的名稱、質量、氫鍵供體和受體，以及特定殘基中的原子部分電荷。
- 定義了共價結構，即原子如何相互連接以形成氨基酸、DNA鹼基或脂質分子。
PRM文件：
- 是帶有參數的勢函數文件，用於MD模擬中的力場參數。
- 包含計算分子能量的所有必要參數，如平衡鍵距離和角度、鍵拉伸、角度彎曲和二面角項中的勢能函數的力常數等。
- 這些參數與特定的原子類型相關，用於描述分子間的相互作用。