A. 如何使用clang+arm-linux-gcc编译ARM程序并在模拟器上运
完全可以的,有arm-linux-gcc,你可以自己去编译,这个需要的耐心很大,而且需要选择好各种所需库的版本,否则会出现编译失败;你也可以直接下载网上现成的.建议使用crosstool-ng集成编译环境去编译.
B. ARM和linux虚拟机串口通信，ARM端打不开串口设备。
我对MINI2440不熟，但是由你的描述看来，就是没有这个驱动。
所以，建议你在 ARM 端的 Linux 下的 /dev 查看看有哪些设备符号。
C. arm9和linux开发有没有什么模拟软件
用仿真器来做测试吧。一般不用软件模拟器。
软件模拟器有以下种类：
ARMulator 是一个在 ARM 公司推出的集成开发环境 ADS （ARM Developer Suite）中提供的指令集模拟器。它与运行在通用计算机（通常是x86体系结构）上的调试器相连接，模拟 ARM 微处理器体系结构和指令集，提供了开发和调试 ARM 程序的软件仿真环境。ARMulator 不仅可以仿真 ARM 处理器的体系结构和指令集，还可以仿真存储器和处理器外围设备，例如中断控制器和定时器等，这样就模拟了一个进行嵌入式开发的最小子系统，另外使用者还可以扩展添加自己的外设。
SkyEye是一个开源软件（OpenSource Software）项目，中文名字是"天目"。SkyEye的目标是在通用的Linux和Windows平台上实现一个纯软件集成开发环境，模拟常见的嵌入式计算机系统（这里假定"仿真"和"模拟"的意思基本相同）；可在SkyEye上运行μCLinux以及μC/OS-II等多种嵌入式操作系统和各种系统软件（如TCP/IP，图形子系统，文件子系统等），并可对它们进行源码级的分析和测试。
GNU的ARMulator，详见uClinux项目。
Softgun 是 ARM 嵌入式系统的仿真器，可模拟 ARM9 CPU ，支持 MMU、很多Netsilicon NS9750外设，PCI总线、网络控制器、闪存以及 CAN总线。 它的目的是帮助没有真实硬件的嵌入式系统开发。