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atom代码报错

发布时间:2025-08-11 17:31:49

⑴ lammps报错情况汇总

报错代码各有差异,但成功的代码通常一模一样。本文旨在记录学习 LAMMPS 过程中遇到的各种错误,以及相应的解决方案。


错误1: Unrecognized pair style 'reaxff'


解决方法:未安装对应的 REAXFF 包。需先安装所需包,然后编译,将新的可执行文件覆盖至环境变量路径。


错误2: Not a valid floating point number


解决方法:使用 processors 命令分配节点,注意调用的核数与 processors 命令指定的值相匹配。若问题由文件错误引起,重新核对建模文件。检查空行、多余行,确保 coeff 中的原子顺序与 data 文件中一致。若使用 reaxff-lg 势函数,确保 lgvdw 参数正确设置。


错误3: Unknown identifier in data file


解决方法:检查 data 文件格式是否一致,确保头数据与节数据匹配。注意数据文件中不应存在无用的空行与注释行。


错误4: -nan


解决方法:检查数据文件,Inf 通常由除零运算引起,NaN 则由非数字值或数值溢出导致。可尝试删除重叠原子,调整能量最小化精度,优化初始模型结构。


错误5: Non-numeric atom coords


解决方法:优化初始模型结构,确保原子间距合理。可采用软力场调整力,限制能量最小化过程,或优化几何结构以减少原子重叠。


错误6: Neighbor list overflow


解决方法:增加单个原子的邻居上限,确保模拟过程内存使用合理。


错误7: Triclinic box skew too large


解决方法:调整模型倾斜度,或使用 box tilt large 命令取消倾斜限制。


错误8: Not enough space for hbonds


解决方法:减少模型原子数量或减小时间步长,确保足够的内存分配。


错误9: Lost atoms


解决方法:优化模型设置,调整力场参数,或检查初始结构。


错误10: Non-numeric pressure, box dimensions, positions


解决方法:检查模型稳定性,调整初始条件、力场参数或增加内存分配。


错误11: Variable test: Invalid fix ID 'avee'


解决方法:在使用 fix avee 前先调用该 fix。


错误12: Atom IDs must be consecutive


解决方法:使用 reset_atom_ids 命令重新设置原子 ID。


错误13: WARNING: Shell command 'mkdir' failed


解决方法:确保文件夹名称与当前目录中无冲突。

⑵ atom(关于atom的基本详情介绍)

Atom是一款专为程序员打造的跨平台文本编辑器,由GitHub提供。以下是关于Atom的基本详情介绍:

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