U盘里的文件夹变成应用程序，可能是由多种原因导致的。首先，最常见的原因是U盘感染了病毒或恶意软件，这些恶意程序会篡改文件夹的属性，使其显示为应用程序，进而在用户不知情的情况下进行恶意操作。其次，不当的插拔操作、系统漏洞或错误、文件夹属性设置错误等因素也可能导致这种问题的发生。
面对这种情况，建议首先使用权威的杀毒软件对U盘进行全面扫描，以清除可能存在的病毒或恶意软件。如果杀毒软件无法解决问题，可以尝试使用专业的数据恢复软件，如数之寻等，来恢复被篡改的文件夹和数据。同时，检查U盘的文件夹属性设置，确保没有错误地将文件夹设置为可执行文件。
为了避免类似问题的再次发生，建议定期更新杀毒软件和系统补丁，避免在不安全的电脑上使用U盘，不随意点击或下载不明链接和文件，以及定期备份重要数据。