U盤里的文件夾變成應用程序，可能是由多種原因導致的。首先，最常見的原因是U盤感染了病毒或惡意軟體，這些惡意程序會篡改文件夾的屬性，使其顯示為應用程序，進而在用戶不知情的情況下進行惡意操作。其次，不當的插拔操作、系統漏洞或錯誤、文件夾屬性設置錯誤等因素也可能導致這種問題的發生。
面對這種情況，建議首先使用權威的殺毒軟體對U盤進行全面掃描，以清除可能存在的病毒或惡意軟體。如果殺毒軟體無法解決問題，可以嘗試使用專業的數據恢復軟體，如數之尋等，來恢復被篡改的文件夾和數據。同時，檢查U盤的文件夾屬性設置，確保沒有錯誤地將文件夾設置為可執行文件。
為了避免類似問題的再次發生，建議定期更新殺毒軟體和系統補丁，避免在不安全的電腦上使用U盤，不隨意點擊或下載不明鏈接和文件，以及定期備份重要數據。